La Secundaria Teiko era conocida por contar con el mejor equipo de baloncesto, cuyos cinco miembros eran conocidos, a causa de su gran talento, como la «Generación de los Milagros». Sin embargo, tras graduarse, al genial equipo no le queda otra que disolverse, ya que cada uno de sus integrantes decide ir a un bachillerato distinto… aunque ninguno de ellos piensa renunciar a convertirse en los mejores jugadores con sus nuevos respectivos equipos. No obstante, lo que no tanta gente conoce es que, además de esos cinco jugadores, en el deslumbrante equipo de la Secundaria Teikou había un sexto jugador; de hecho, un «sexto jugador fantasma» de gran importancia para el resto de los de su equipo. Y ése no es otro que Tetsuya Kuroko.
Kuroko, al igual que sus cinco compañeros, decide apuntarse al equipo de baloncesto de su nueva escuela, la escuela de bachillerato Seirin, un equipo que, aunque bastante desconocido, el curso anterior y sólo con jugadores de primer año, había conseguido llegar casi a lo más alto de la liga de Tokyo.
De este modo, con el nuevo curso, Kuroko consigue hacerse con un hueco en la plantilla de este prometedor equipo, y, con él, pasa a formar parte del mismo Taiga Kagami, un «rookie» que había pasado gran parte de su etapa en la secundaria en Estados Unidos y que cuenta con un físico impresionante y unas habilidades únicas. Juntos se marcan como objetivo llevar a lo más alto al equipo de basket de la escuela Seirin, así como derrotar a todos y cada uno de los miembros de la «Generación de los Milagros» en sus nuevos equipos.